十二支：一、无明支无所明了，不明我空之理，属惑。;二、行支即依惑所造之业行。此为过去世二支因。;三、识支即今世投胎时八识。;四、名色支;即投胎后，心色和合。名即是心无形相故，色即是父精母血。;五、六入支即出胎后，六根为六尘所入处。;六、触支即少时，六根触对六尘，未成欣戚时。;七、受支即稍长，领受外境，能起欣戚时。自识至此，为现在世五支果。;八、爱支即受境之后，心起爱憎，为现在世惑。;九、取支由爱憎而起取舍，取舍即造业之初。与古解不同。;十、有支即取舍既定，而业因已成，曰有。爱、取、有为现在世三支因，再感未来世二支果。;十一、生支由现在世惑业因，感来世受生果。;十二、老死指来世，从生而至老死也。。此十二支，展转相因，连环钩锁，三世因果，流转不息，曰无明缘行，行缘识，乃至有缘生，生缘老死是也。
还灭门是修法：无明灭则行灭;行灭则识灭;乃至生灭则老死灭。辟支利根，一闻佛说，即知无明为生死之根，即从断无明下手，如砍树者，直砍其根，根断而树自倒，无明断，而生死自了矣。 此文亦同心经，无字非字如上解。无明上多一明字，即性觉必明之明字，因必欲加明于觉，故成无明，此本来心，一念未动，故非明非无明，如是乃至非老非死。第一非字双用，又非明非无明尽即灭也，如是乃至，非老死尽，此将流转，还灭二门分开，各举因缘之头，直超因缘之尾，以便易知。如筷一双直排，现文乃是将二门，双举第一支因缘之头，双超中间十支，而至十二支因缘之尾，稍费思索。此中所云老死尽，但尽分段，未尽变易也。据此如来藏，非缘觉法矣。
非苦、非集、非灭、非道、非智、非得。
次非声闻法。苦、集、灭、道，四谛法门，是佛为小乘机所说。世间出世间，二种因果，皆是谛实，故称为谛。苦谛：是世间生死苦果，以逼迫为性。约人间，略说八苦：生苦、老苦、病苦、死苦、爱别离苦欲合偏离，怨平声憎会苦欲离偏遇，求不得苦、五阴炽盛苦。五阴烦恼之火，焚烧众生之心，前七为别，后一为总。约三界则分三苦：五趣众生为苦苦;乃苦中之苦。天趣众生，三禅以下为坏苦;福乐有尽，久必坏生。四禅以上为行苦;虽苦乐双亡，难免行阴迁流之苦。佛为说此是苦，汝当知。 集谛：是世间烦恼苦因，我执分别俱生，粗细烦恼，集聚众生心中，以招感为性，依烦恼惑，造善恶业，招感生死苦果，若无集谛烦恼苦因，当然不受生死苦果，佛为说此是集，汝当断。
灭谛：是出世间涅槃译不生不灭乐果，即二乘所证，方便有余土，偏真涅槃，拣异究竟无余涅槃。以可证为性，若能修道、断集，自可灭尽诸苦，灭非真谛，因灭会真，故称灭谛，佛言此是灭，汝当证。 道谛：是出世间道品乐因，共有三十七品，四念处、四正勤、四如意足、五根、五力即五根增长成力、七觉支、八正道，以可修为性。四谛中，此谛最关紧要，若能修道，自然断烦恼苦因，灭生、死苦果，证涅槃乐果。如大乘四弘誓愿，第三法门无量誓愿学，学成则前后三愿，皆得圆满，佛云：此是道，汝当修。诸弟子闻佛四谛法声，修道证果，故称声闻。 非智非得者：此文接于四谛之下，不必别作他说。依孤山作小乘所证智理，谓非有我空之智，与非得我空之理，当属声闻乘，此亦随净缘所成。本来心中，不但有为法当非，即无为法亦非，以藏心不属有为无为故;据此则如来藏，非声闻法矣。
非檀那，非尸罗，非毗梨耶、非羼提、非禅那、非般刺若、非波罗密多。
此非菩萨法。他经所说檀波罗密等，乃理行因果并举，此文稍异。依孤山曰：‘非檀那等，先非能趋行;非波罗多者，总非所趋理也。’此文全用梵语，前六即六度，后一即到彼岸。檀那此云布施，布施有三：一曰资生施，即以财物布施，资养生命;二曰法施，即以佛法布施，令续慧命;三曰无畏施，即以无畏力，布施于众生，令离怖畏。尸罗此云持戒，持戒亦三：一曰摄律仪戒，无恶不断也;二曰摄善法戒，无善不修也。三曰饶益有情戒，无众生不度也。此大乘戒，不独制身口，而能摄心也。毗梨耶此云精进，精勤不懈曰精，进趋不退曰进。乃普对诸度万行，悉皆勇往直前也。
羼提此云忍辱。辱者侮辱，或骂詈，或排斥，或殴打，或残害。一切逆境，皆谓之辱;忍者忍受，能含忍顺受。忍之一事，颇不容易，略说其相有六：一曰力忍，凡辱境之来，忍而不较。退一步，让三分，由他、任他;二曰反忍，凡遇人加辱，不责人而反责己，总由过去辱他，故今辱我，作还报想，并不尤人;三曰忘忍，雅量宽洪，虽然受辱，毫不介意，处辱如无，此三尚未得理，谓之事忍。理忍亦三：一曰观忍，凡辱境当前，以智观察，我身本不有，人相复何存，人我双亡，辱境安在;二曰喜忍，逢人加辱，心生欢喜，以其能成就我之忍力，如力士逢人试力而喜也;三曰慈忍，对于加辱之人，怜彼愚痴，无有智慧，不知礼义，不明因果，竟起慈心，发愿度脱也。如释迦本师，为歌利王，割截身体，不生嗔恨，发愿成佛先度是也。
禅那此云静虑，此虑非思虑，即正思惟。初修静即是止，虑即是观;修成静即是定，虑即是慧。或称禅定，有世间禅，出世间禅，出世上上禅。世间禅：凡夫四禅四空定，外道无心定;出世间禅：小乘禅，大乘禅;出世上上禅：即十方诸佛，得成菩提之定，名大佛顶首楞严王是也。 般刺若此云智慧，有文字般若，即一切经典，能诠义理，可以开人智慧，而世间文字，不足称焉;有观照般若，即起智观照，三空妙理;有实相般若，即本经，十番所显之妙净明心，四科七大所会之如来藏性，平等一如，真实之相。菩萨观照功深，所得契合真理之智，是为般若妙智。上六是趣果之行，属因。
波罗密多此云到彼岸，是所趣之理属果。此岸是生死，彼岸是涅槃。涅槃，即佛所证不生灭之果，实教菩萨，得以分证，若权教菩萨，所修诸行，但称六度，不称六波罗密，以所修不能离相，未得三轮体空，不到涅槃彼岸。此六波罗密，以般若为先导，必由般若，方能离相，方到彼岸也。此亦属净缘起，而本来心，不假修证，故皆非之。据此，如来藏非菩萨法矣。
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